| 順位 | Team | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | Vファーレン長崎 | 27 | 12 | 8 | 3 | 1 | 25 | 11 | +14 |
| 2 | 清水エスパルス | 25 | 11 | 8 | 1 | 2 | 19 | 13 | +6 |
| 3 | ファジアーノ岡山 | 22 | 11 | 6 | 4 | 1 | 14 | 7 | +7 |
| 4 | 横浜FC | 18 | 11 | 5 | 3 | 3 | 16 | 8 | +8 |
| 5 | ヴァンフォーレ甲府 | 18 | 12 | 5 | 3 | 4 | 20 | 15 | +5 |
| 6 | ブラウブリッツ秋田 | 18 | 11 | 5 | 3 | 3 | 12 | 8 | +4 |
| 7 | 愛媛FC | 18 | 12 | 5 | 3 | 4 | 18 | 16 | +2 |
| 8 | ジェフユナイテッド千葉 | 17 | 12 | 5 | 2 | 5 | 25 | 15 | +10 |
| 9 | ベガルタ仙台 | 17 | 12 | 4 | 5 | 3 | 12 | 11 | +1 |
| 10 | いわきFC | 16 | 11 | 4 | 4 | 3 | 20 | 10 | +10 |
| 11 | モンテディオ山形 | 16 | 11 | 5 | 1 | 5 | 12 | 12 | 0 |
| 12 | レノファ山口FC | 15 | 11 | 4 | 3 | 4 | 14 | 9 | +5 |
| 13 | 大分トリニータ | 13 | 11 | 3 | 4 | 4 | 10 | 11 | -1 |
| 14 | ロアッソ熊本 | 12 | 11 | 3 | 3 | 5 | 15 | 23 | -8 |
| 15 | 鹿児島UFC | 12 | 11 | 3 | 3 | 5 | 12 | 20 | -8 |
| 16 | 栃木SC | 12 | 11 | 3 | 3 | 5 | 10 | 24 | -14 |
| 17 | 水戸ホーリーホック | 11 | 12 | 2 | 5 | 5 | 10 | 13 | -3 |
| 18 | 藤枝MYFC | 11 | 12 | 3 | 2 | 7 | 7 | 19 | -12 |
| 19 | 徳島ヴォルティス | 8 | 11 | 2 | 2 | 7 | 9 | 21 | -12 |
| 20 | ザスパクサツ群馬 | 6 | 12 | 1 | 3 | 8 | 7 | 21 | -14 |
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