| 順位 | Team | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | 清水エスパルス | 82 | 38 | 26 | 4 | 8 | 68 | 38 | +30 |
| 2 | 横浜FC | 76 | 38 | 22 | 10 | 6 | 60 | 27 | +33 |
| 3 | Vファーレン長崎 | 75 | 38 | 21 | 12 | 5 | 74 | 39 | +35 |
| 4 | モンテディオ山形 | 66 | 38 | 20 | 6 | 12 | 55 | 36 | +19 |
| 5 | ファジアーノ岡山 | 65 | 38 | 17 | 14 | 7 | 48 | 29 | +19 |
| 6 | ベガルタ仙台 | 64 | 38 | 18 | 10 | 10 | 50 | 44 | +6 |
| 7 | ジェフユナイテッド千葉 | 61 | 38 | 19 | 4 | 15 | 67 | 48 | +19 |
| 8 | 徳島ヴォルティス | 55 | 38 | 16 | 7 | 15 | 42 | 44 | -2 |
| 9 | いわきFC | 54 | 38 | 15 | 9 | 14 | 53 | 41 | +12 |
| 10 | ブラウブリッツ秋田 | 54 | 38 | 15 | 9 | 14 | 36 | 35 | +1 |
| 11 | レノファ山口FC | 53 | 38 | 15 | 8 | 15 | 43 | 44 | -1 |
| 12 | ロアッソ熊本 | 46 | 38 | 13 | 7 | 18 | 53 | 62 | -9 |
| 13 | 藤枝MYFC | 46 | 38 | 14 | 4 | 20 | 38 | 57 | -19 |
| 14 | ヴァンフォーレ甲府 | 45 | 38 | 12 | 9 | 17 | 54 | 57 | -3 |
| 15 | 水戸ホーリーホック | 44 | 38 | 11 | 11 | 16 | 39 | 51 | -12 |
| 16 | 大分トリニータ | 43 | 38 | 10 | 13 | 15 | 33 | 47 | -14 |
| 17 | 愛媛FC | 40 | 38 | 10 | 10 | 18 | 41 | 69 | -28 |
| 18 | 栃木SC | 34 | 38 | 7 | 13 | 18 | 33 | 57 | -24 |
| 19 | 鹿児島UFC | 30 | 38 | 7 | 9 | 22 | 35 | 59 | -24 |
| 20 | ザスパクサツ群馬 | 18 | 38 | 3 | 9 | 26 | 24 | 62 | -38 |
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