| 順位 | Team | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | Vファーレン長崎 | 69 | 37 | 19 | 12 | 6 | 62 | 43 | +19 |
| 2 | 水戸ホーリーホック | 67 | 37 | 19 | 10 | 8 | 53 | 34 | +19 |
| 3 | ジェフユナイテッド千葉 | 66 | 37 | 19 | 9 | 9 | 51 | 34 | +17 |
| 4 | 徳島ヴォルティス | 64 | 37 | 18 | 10 | 9 | 44 | 23 | +21 |
| 5 | RB大宮アルディージャ | 63 | 37 | 18 | 9 | 10 | 58 | 36 | +22 |
| 6 | ベガルタ仙台 | 62 | 37 | 16 | 14 | 7 | 47 | 35 | +12 |
| 7 | ジュビロ磐田 | 61 | 37 | 18 | 7 | 12 | 57 | 50 | +7 |
| 8 | サガン鳥栖 | 58 | 37 | 16 | 10 | 11 | 45 | 41 | +4 |
| 9 | いわきFC | 53 | 37 | 14 | 11 | 12 | 54 | 44 | +10 |
| 10 | FC今治 | 53 | 37 | 13 | 14 | 10 | 46 | 41 | +5 |
| 11 | モンテディオ山形 | 50 | 37 | 14 | 8 | 15 | 56 | 53 | +3 |
| 12 | コンサドーレ札幌 | 50 | 37 | 15 | 5 | 17 | 47 | 63 | -16 |
| 13 | ヴァンフォーレ甲府 | 43 | 37 | 11 | 10 | 16 | 37 | 45 | -8 |
| 14 | ブラウブリッツ秋田 | 43 | 37 | 11 | 10 | 16 | 42 | 55 | -13 |
| 15 | 藤枝MYFC | 39 | 37 | 9 | 12 | 16 | 40 | 48 | -8 |
| 16 | 大分トリニータ | 38 | 37 | 8 | 14 | 15 | 27 | 42 | -15 |
| 17 | ロアッソ熊本 | 36 | 37 | 9 | 9 | 19 | 41 | 57 | -16 |
| 18 | カターレ富山 | 34 | 37 | 8 | 10 | 19 | 30 | 48 | -18 |
| 19 | レノファ山口FC | 33 | 37 | 6 | 15 | 16 | 33 | 45 | -12 |
| 20 | 愛媛FC | 22 | 37 | 3 | 13 | 21 | 35 | 68 | -33 |
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