| 順位 | Team | 勝点 | 試合数 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 得失差 |
| 1 | 水戸ホーリーホック | 70 | 38 | 20 | 10 | 8 | 55 | 34 | +21 |
| 2 | Vファーレン長崎 | 70 | 38 | 19 | 13 | 6 | 63 | 44 | +19 |
| 3 | ジェフユナイテッド千葉 | 69 | 38 | 20 | 9 | 9 | 56 | 34 | +22 |
| 4 | 徳島ヴォルティス | 65 | 38 | 18 | 11 | 9 | 45 | 24 | +21 |
| 5 | ジュビロ磐田 | 64 | 38 | 19 | 7 | 12 | 59 | 51 | +8 |
| 6 | RB大宮アルディージャ | 63 | 38 | 18 | 9 | 11 | 60 | 39 | +21 |
| 7 | ベガルタ仙台 | 62 | 38 | 16 | 14 | 8 | 47 | 36 | +11 |
| 8 | サガン鳥栖 | 58 | 38 | 16 | 10 | 12 | 46 | 43 | +3 |
| 9 | いわきFC | 56 | 38 | 15 | 11 | 12 | 55 | 44 | +11 |
| 10 | モンテディオ山形 | 53 | 38 | 15 | 8 | 15 | 58 | 54 | +4 |
| 11 | FC今治 | 53 | 38 | 13 | 14 | 11 | 46 | 46 | 0 |
| 12 | コンサドーレ札幌 | 53 | 38 | 16 | 5 | 17 | 50 | 63 | -13 |
| 13 | ヴァンフォーレ甲府 | 44 | 38 | 11 | 11 | 16 | 37 | 45 | -8 |
| 14 | ブラウブリッツ秋田 | 43 | 38 | 11 | 10 | 17 | 43 | 59 | -16 |
| 15 | 藤枝MYFC | 39 | 38 | 9 | 12 | 17 | 41 | 50 | -9 |
| 16 | 大分トリニータ | 38 | 38 | 8 | 14 | 16 | 27 | 44 | -17 |
| 17 | カターレ富山 | 37 | 38 | 9 | 10 | 19 | 34 | 49 | -15 |
| 18 | ロアッソ熊本 | 37 | 38 | 9 | 10 | 19 | 41 | 57 | -16 |
| 19 | レノファ山口FC | 36 | 38 | 7 | 15 | 16 | 36 | 47 | -11 |
| 20 | 愛媛FC | 22 | 38 | 3 | 13 | 22 | 35 | 71 | -36 |
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